Como en la evolución de cualquier ciencia, también en la Naturopatía, la filosofía ayuda a ver lo que no se había visto antes ya que aclara los conceptos, porque sistematiza la forma de pensar apoyándose en elementos como el sentido común, la lógica, la prueba o la ética.
Todo conocimiento ha partido de una realidad que poco a poco se ha ido consolidando. Dentro de ese conocimiento cabe una gama de fenómenos unos muy abstractos y otros muy concretos. Sin importar que tan complejo sea siempre estará sujeto a un sustento teórico y a un pensamiento filosófico. En el caso de la Naturopatía, el primer momento del desarrollo del conocimiento fue intuitivo; la experiencia frente al manejo de situaciones tuvo su fundamento en el ensayo y error. Los conocimientos fueron transmitidos de una generación a otra mediante el lenguaje oral.
La Naturopatía como profesión existe desde que Benedict Lust, a finales del siglo XIX, expresó la firme convicción de que la Naturopatía requería un conocimiento diferente al conocimiento médico. Describió lo que para el era la función propia de la Naturopatía: propiciar a la persona un entorno en las mejores condiciones para que la Naturaleza actúe sobre él.. Según Benedict Lust la Naturopatía tiene como objetivo: "to reach and transform and transfigure everyday lives" (1905, 319). De ahí que la Naturopatía la concebimos como disciplina profesional cuyo objeto es, en el plano individual la autogestión de la salud; y en el plano social, la cultura de la salud; entendiendo que la persona (individuo-naturaleza-sociedad) en interacción continua con su medio natural y social vive experiencias de salud en mayor o menor grado.
Benedict Lust definió la Naturopatía como "a distinct school of healing, employing the beneficent agency of Nature's forces, of water, air, sunlight, earthpower, electricity, magnetism, exercise, rest, proper diet, various kinds of mechanical treatments, such as massage, osteopathy, and chiropractic, mental and moral science.".
Hasta los años 60 el término Ciencia Naturópatica era poco frecuente. El doctor Pizzorno (ND), resumió los logros de Bastyr (1912 – 1995) de la siguiente manera: "Hemos demostrado que la utilización del método científico en la Naturopatía es factible y a la vez exitoso ya que ayuda a la gente a hacer las cosas con fundamento. Con John Bastyr se establece una nueva concepción de una Naturopatía más profesionalizada, estableciendo que la base de la filosofía Naturopática esta centrada en la persona, mas que en la enfermedad".
Es con la incorporación del método científico que se afirma con firmeza la existencia de la Ciencia Naturopática, que permite la utilización de procedimientos de pensamientos para establecer cauces adecuados que expliquen los hechos representados dentro de su objeto de estudio, procurando de este modo, el conocimiento de esta materia y su delimitación como científica,
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